Namutoni beherbergt das dritte Rastlager. 1902/03 baute die kaiserliche Schutztruppe hier eine Festung. Im darauffolgenden Jahr griffen 500 Ovambo das Fort aus Solidarität mit den sich im Aufstand befindlichen Hereros an. Die sieben deutschen Schutztruppensoldaten konnten in der Dunkelheit fliehen, woraufhin die Ovambo das Fort niederbrannten. Noch im gleichen Jahr kehrten die Deutschen zurück und bauten das Fort wieder auf.