Auffälligstes Merkmal der Aldabra-Riesenschildkröte ist der verhältnismäßig kleine Kopf, der den Hals vom Durchmesser her nur wenig überragt. Weitere Unterscheidungsmerkmale gegenüber der Galápagos-Riesenschildkröte sind große Kopfschuppen, Vorhandensein eines Nackenschildes, vertikal geschlitzte Nasenlöcher und die Fähigkeit, durch die Nase trinken zu können.